Viele Probleme können auch durch im Darm lebende "feindliche" Bakterien und Pilze verursacht werden, die nur darauf warten, dass teilweise unverdaute Nahrung in den Darm gelangt, von der sie leben können. Anschließend stoßen die Bakterien/Pilze Stoffwechselprodukte aus (wie das jedes Lebewesen tut), die für den menschlichen Organismus hochgiftig sein können. Im Rahmen von Gärungsprozessen (ähnlich wie bei der Alkoholgärung durch Hefen) kommt es darüber hinaus zu einer starken Kohlendioxyd-Bildung, die für schmerzhafte Blähungen sorgen kann.
Manchmal können sogar gerade Stoffe oder Lebensmittel, die den Lebensraum der Bakterien bzw. Pilze einschränken - und dann zu deren massenhaften Absterben führen - Probleme hervorrufen. Der Auslöser ist dann nicht das entsprechende Lebensmittel, welches als allergisch eingestuft wird, obwohl es eigentlich eher heilend wirkt, sondern die beim Absterben durch die Bakterien/Pilze ausgestoßenen Giftstoffe (Jarisch-Herxheimer-Reaktion).
Mit anderen Worten: Giftstoffe müssen nicht notwendigerweise durch die Nahrung aufgenommen werden. Oft ist es so, dass diese erst im Darm durch darin wohnende Mikroorganismen produziert werden. In der Regel leben diese feindlichen Bakterien und Pilze von Kohlenhydraten.
Das fängt schon in der Mundhöhle, der ersten Instanz des menschlichen Verdauungstraktes an:
Bakterien sitzen an und auf den Zähnen, stürzen sich auf Zucker, Honig oder eingespeichelte Brotkrümel und stoßen anschließend Säure (Milchsäure) aus, die dann den Zahnschmelz angreift. Es ist also nicht der Zucker selbst, der die Zähne schädigt, sondern die Stoffwechselprodukte von an den Zähnen lebenden Bakterien. Und aus gleichem Grunde ist es nicht der Zucker selbst, der ein Problem für den Darm darstellt, sondern die Stoffwechselprodukte der im Darm vom Zucker lebenden Bakterien und Pilze.
Die meisten Menschen messen diesen Tatsachen der Zahnmedizin nicht mehr viel Bedeutung zu, denn durch regelmäßiges Zähneputzen, Fluorcremes, die den Zahnschmelz unempfindlicher gegen die Säuren machen, und natürlich die Reparaturleistungen des Zahnarztes kann man heute in der Regel das Schlimmste verhindern. Nur 200 Jahre zurückgedacht hätte die heute übliche Form der Ernährung aber unweigerlich zu einem frühzeitigen Zahnverlust bei einem größeren Teil der Bevölkerung geführt.
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